★自社サイトで販売する方法。
これは公式ホームページの中にショッピングカート（買い物できるようにする装置）を設けて、全ての処理をホームページ内に組み込ませて行うシステムです。
利点はショッピングモール（以下モール）などの外部サイトを利用しないために、手数料やロイヤリティを払わなくて済む事です。
毎月のコストを考えれば大きな利点だと言えるでしょう。
しかし、タイトルにも書きましたが、私は自社サイトでの販売よりも、コストがかかってもモールを利用するほうが良いと考えます。

※自社サイトの欠点。
これは一言、セキュリティの問題です。
万が一、自社サイトに集まった個人情報が漏洩した、登楼されてるクレジット番号などが盗まれた…など、個人情報を扱っている以上、セキュリティは万全にしておく必要があります。
100％安全ということはネット内では有り得ませんが、それでもモールに比べると、店舗レベルでモールレベルのセキュリティを確保することは、モールに支払う手数料やロイヤリティ以上になります。
また、ショップシステムが不具合やエラーを起こした場合は全て自社で修理を行うために、かなりの専門知識を持った人材が必要になります。
ずっと何も起きず平穏無事に運営できることはあり得ませんので、このような事から自社サイトでの販売はお勧めできない理由になります。

★モールを利用する方法。
これは様々なモールがあり、それこそ店の規模、目的、状況に応じて選べば良いと思います。
モールによって初期費用・家賃・販売手数料・ロイヤリティなど…様々な支払い要素があります。
これらを考慮して、モールへの出店選びをすることも大切です。

■楽天
初期費用が6万3千円＋月額費用2万円以上（画像容量5GBのスタンダードプランは月額54,000円）＋手数料最低3.1%以上（システム利用料｟PCまたはモバイル経由月間売上の2%～6.5％｠＋ポイント原資｟楽天会員が購入した代金の1％｠＋安全性・利便性向上のためのシステム利用料月間売上の0.1％＋アフィリエイトを経由した場合は別途アフィリエイト売上の1.3％～）です。